NGSデータを用いたde novo assemblyにはクラスタリングアルゴリズムが重要であろう，という妄想からふらふらとクラスタリング法を調べていて見つけたのがMCLことMarkov Cluster Algorithm．2000年に発表された手法らしく特に新しい分けではないが，それなり…

http://update.aptana.com/update/rdt/3.2/ をadd site．

下のスクリプトではてな日記を更新！！こんなことが出来るとはなー ここらへんを参考にさせていただきました． http://d.hatena.ne.jp/kitamomonga/20081209/kaisetsu_for_ver_0_9_ruby_www_mechanize Route 477(2007-02-05) require 'rubygems' require 'me…

ダンプ＆リストア pg_dumpall > backups/data.dump psql -d template1 設定ファイル data/postgresql.conf -> listen_addresses = '*' -> port=5432 data/pg_hba.conf -> host all all 192.168.0.0/24 trust データベース生成・起動・停止 initdb -D data pg…

mongrel_rails start -d -p 3001 -e production

今日も引き続き共進化解析アルゴリズムのプログラミング．Java脳が目覚め，かなりプログラミンものりのり．以前Rubyで実装してた部分をJavaで作り直したが，これが超高速化！ビックリ．二日掛かってた計算が10分に(笑)うーん，スクリプト言語に頼ってばっか…

久々にJavaプログラミング．さすがに計算ガリガリだとRubyじゃつらいってことで，とりあえずジャバる．…でもかなり忘れてる感じだし，タイピング量が多すぎでつら過ぎる．．特にファイル読み込み＆文字列処理でかなりへこたれる．RubyならFile.read→eachでＯ…