BLASTメモ
短いアミノ酸配列をBLAST検索するときはパラメータの調整が必要.
- Expect threshold : 20000
- Word size : 2
- Matrix : PAM30
- Compositional adjustments : No adjustment
New BLASTのサイトではこの調節が自動的になされるみたい.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/beta/Blast.cgi
短いアミノ酸配列をBLAST検索するときはパラメータの調整が必要.
New BLASTのサイトではこの調節が自動的になされるみたい.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/beta/Blast.cgi